13. маја 1919. године основана је Стална епидемијска комисија Министарства за здравље чиме је установљен и организован надзор над хигијенским приликама и заразним болестима у Краљевини Срба, Хрвата и Словенаца. Први председник је био др Милан Јовановић Батут.
1922–1923. године основани су: Бактериолошка станица у Београду, Лабораторија за тропске и паразитарне болести и Институт за социјалну медицину који представљају језгро будућег Централног хигијенског завода.
1924. године основан је Централни хигијенски завод.
1945. године по завршетку Другог светског рата у згради Централног хигијенског завода формирани су: Савезни епидемиолошки институт, Савезни хигијенски институт и Бактериолошко-епидемиолошки завод Србије.
1951. године основан је Хигијенски институт Народне Републике Србије.
1961. године Хигијенски институт НР Србије постао је Завод за здравствену заштиту Социјалистичке Републике Србије и поверена му је и функција Републичког здравственог центра.
1979. године Завод за здравствену заштиту СР Србије постао је Завод за заштиту здравља Србије „Др Милан Јовановић Батут".
1997. године постао је Институт за заштиту здравља Србије „Др Милан Јовановић Батут".
2006. године постао је Институт за јавно здравље Србије „Др Милан Јовановић Батут".